O Clube Atlético Metropolitano foi fundado em 22 de janeiro de 2002, com o objetivo de resgatar o futebol blumenauense, ausente das principais competições estaduais havia anos. A ideia partiu de um grupo de pessoas unidas por essa causa, e o nome do clube foi uma sugestão do empresário Altair Carlos Pimpão, em referência à Região Metropolitana de Blumenau.
O primeiro presidente, eleito para o biênio inicial, foi Alfonso Santos Rogério. Os fundadores do clube foram: Altair Carlos Pimpão, Alfonso Santos Rogério, Ericson Luef, Haroldo Paz, Roni Busnardo, Ocimar Roberto Zimmermann, Érico Valter Neumitz, Luís Augusto Bachmann, Evaristo Martins, Edi Carlos da Silva Andrade, Eduardo Márcio Neumitz, Carlos Roberto Seara Filho, José Antônio Roncaglio, Rogério Domingues Schlossmacher, Romeu Hertel e Valdecir Roters.
Ainda em abril de 2002, foram lançados o escudo, o uniforme e as cores oficiais do clube: verde e branco. A estreia oficial aconteceu em agosto, no Campeonato Catarinense da 2ª Divisão. No dia 4 de agosto, diante de cerca de 800 torcedores no Estádio do Sesi, o Metropolitano empatou em 0 a 0 com o Brusque. Sob o comando do treinador Francis, a escalação inicial foi: Fabiano; Vando, Zeca, Márcio e Canhoto; Paulo, Luizinho, Ilson e Marquinhos; Polegar e Carioca.
A primeira vitória veio no segundo jogo, por 2 a 1 contra o Caxias, com o zagueiro Márcio marcando o primeiro gol oficial da história do clube. Ao final da competição, o time terminou na quinta colocação.
Em 2004, o clube iniciou o ano com a posse do novo presidente, Robert von der Heyde. O grande objetivo era conquistar o acesso à elite do futebol catarinense para 2005, o que exigiria terminar entre os oito primeiros colocados na Série A2 (disputada por 12 equipes). A competição reunia clubes tradicionais como Chapecoense, Marcílio Dias, Tubarão e Atlético de Ibirama.
Apesar das dificuldades financeiras típicas das divisões de acesso, o Metropolitano ousou ao contratar o consagrado goleiro Ronaldo, ex-Corinthians e Seleção Brasileira. No entanto, quem se destacou como o primeiro grande ídolo do clube foi outra contratação: o atacante Diego Viana, gaúcho com passagens por Juventude e Avaí. Ele se tornou o artilheiro da equipe na Série A2 e marcou o 100º gol oficial do Metropolitano.
O acesso era definido por pontos corridos (somando turno e returno). Faltando cinco rodadas para o fim, o time ainda tinha apenas dois jogos em casa — justamente contra o líder Lages e o vice-líder Atlético de Ibirama. Para não depender desses confrontos diretos, diretoria, comissão técnica e jogadores firmaram um pacto de buscar a classificação o mais cedo possível. Assim, no dia 26 de setembro de 2004, no Estádio Hercílio Luz, em Itajaí, o Metropolitano venceu o Marcílio Dias por 2 a 0, com gols de Alex Marcelino e Decarlos, garantindo matematicamente o acesso à 1ª Divisão Catarinense de 2005.
Após seis anos sem representante na elite estadual, Blumenau voltava a ter um time na principal competição do estado graças ao Metropolitano, que leva com orgulho a alcunha de Clube do Povo de Blumenau.